COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 2.731851
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 2.627441
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.529837
2021-07-08 17:00:00 3.126682 3.126682 2.443529
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 2.353720
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 2.255692
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 2.170099

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.536409
2021-07-10 17:00:00 1.812367 1.812367 2.555815
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 2.525267
2021-07-08 17:00:00 5.163330 5.163330 2.532013
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.536524
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.537132
2021-07-05 17:00:00 1.871658 2.749446 2.509666

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 4.065041 2.314815 3.582185
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.649778
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.505590
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 3.639507
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.622295
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.564956
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.445434 3.397155

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 2.149592
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 2.169531
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 2.057209
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.981946
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.928950
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.852909
2021-07-05 17:00:00 2.040816 0.634737 1.780721

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 5.701754 8.128908 8.164760
2021-07-10 17:00:00 7.639142 10.248902 7.986930
2021-07-09 17:00:00 9.572215 9.572215 7.749804
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 7.460897
2021-07-07 17:00:00 11.298207 11.298207 7.262232
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 7.128658
2021-07-05 17:00:00 7.789233 3.490760 7.095075

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 5.818615
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 5.628463
2021-07-09 17:00:00 6.966925 6.966925 5.454796
2021-07-08 17:00:00 6.791908 6.791908 5.281953
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 5.079920
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 4.885902
2021-07-05 17:00:00 8.226950 4.175666 4.750977

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 2.096402
2021-07-10 17:00:00 1.832461 3.500000 2.059059
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.229508 2.092822
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 2.087101
2021-07-07 17:00:00 2.455357 2.455357 2.036060
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 2.001303
2021-07-05 17:00:00 0.576369 0.576369 1.954040

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 4.165582
2021-07-10 17:00:00 6.738132 3.981623 3.974215
2021-07-09 17:00:00 3.737542 4.962323 3.806793
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 3.639641
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 3.486002
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.220521 3.308859
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 3.131426

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.170394
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 1.080406
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 1.023643
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 0.971122
2021-07-07 17:00:00 1.477105 1.477105 0.922349
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.864461
2021-07-05 17:00:00 1.098901 0.524246 0.843836

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.274588 1.597005
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 1.533118
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.915390 1.461706
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.995915 1.397412
2021-07-07 17:00:00 0.885740 0.885740 1.343503
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.295602
2021-07-05 17:00:00 0.846052 0.459397 1.251515

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.621145
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.608287
2021-07-09 17:00:00 2.122905 4.134078 3.562480
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.591019
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.492871
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 3.343558
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.414723 3.162622

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 0.713468
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.665848
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.485437 0.598511
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.559221
2021-07-07 17:00:00 2.312139 2.312139 0.517730
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.468021
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.418019

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 3.437500 3.437500 4.608889
2021-07-10 17:00:00 inf NaN 4.502257
2021-07-09 17:00:00 9.677419 9.677419 4.438165
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 4.221935
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 3.976598
2021-07-06 17:00:00 5.660377 5.660377 3.848209
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 3.705060

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 0.756236
2021-07-10 17:00:00 0.964187 0.964187 0.725221
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.726989
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.722309
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.745408
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.214133 0.749362
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.732708

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 0.992886
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 0.978531
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 0.927397
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.886789
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.861624
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.830500
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.649070 0.798468

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 5.657238 5.657238 3.335016
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 3.288911
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 3.253511
2021-07-08 17:00:00 4.364184 4.364184 3.249299
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 3.179807
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 3.173120
2021-07-05 17:00:00 1.425856 3.992395 3.062665

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 1.887418
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 1.725767
2021-07-09 17:00:00 2.472128 2.472128 1.626065
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.508913
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 1.406754
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 1.293101
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.489263 1.200629

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.291283
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 4.167715
2021-07-09 17:00:00 5.784173 5.784173 4.048209
2021-07-08 17:00:00 4.547342 4.547342 3.908887
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 3.760374
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 3.589182
2021-07-05 17:00:00 2.255932 2.255932 3.456134

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 1.866152 2.043933 1.469390
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.432033
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.405450
2021-07-08 17:00:00 2.147099 1.324806 1.367757
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.963233 1.314801
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.276470
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.963233 1.230732

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.083739
2021-07-10 17:00:00 3.744493 4.096386 1.987906
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 1.923134
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.811647
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.726624
2021-07-06 17:00:00 0.192308 0.192308 1.652322
2021-07-05 17:00:00 1.898734 0.688863 1.574152

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.270270 0.419396
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.499717
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.763359 0.496523
2021-07-08 17:00:00 2.409639 2.409639 0.539255
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.629544
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.719075
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.755673

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 4.248612
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 4.178179
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 4.101107
2021-07-08 17:00:00 2.750092 5.224404 3.971014
2021-07-07 17:00:00 14.598540 14.598540 3.854378
2021-07-06 17:00:00 3.128023 3.128023 3.691483
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 3.567036

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.574307 1.574307 2.536409
Basilicata 4.065041 2.314815 3.582185
Calabria 4.268775 4.268775 2.149592
Campania 5.701754 8.128908 8.164760
Emilia-Romagna 7.724252 7.724252 5.818615
Friuli Venezia Giulia 0.657895 0.657895 2.096402
Lazio 6.278714 6.278714 4.165582
Liguria 2.042419 2.042419 1.170394
Lombardia 2.981159 2.274588 1.597005
Marche 3.516682 3.516682 3.621145
Molise 2.023121 2.023121 0.713468
P.A. Bolzano 3.437500 3.437500 4.608889
P.A. Trento 1.379310 1.379310 0.756236
Piemonte 1.365485 1.365485 0.992886
Puglia 5.657238 5.657238 3.335016
Sardegna 3.532609 3.532609 1.887418
Sicilia 5.884244 5.884244 4.291283
Toscana 1.866152 2.043933 1.469390
Umbria 1.477833 1.477833 2.083739
Valle d'Aosta 1.081081 0.270270 0.419396
Veneto 4.382889 4.382889 4.248612

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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